Pada tahun 2005 Minat Studi S2 Kajian Timur Tengah (selanjutnya disebut S2-KTT) didirikan sebagai pengembangan Jurusan Sastra Asia Barat (sekarang Program Studi Sastra Arab). Semula Minat Studi ini menjadi sebuah minat dari Program Studi Sastra dengan Surat dari Direktur Program Pascasarjana UGM kepada Dekan Fakultas Ilmu Budaya UGM bernomor: 583/J01.4/PP/05 tertanggal 7 Februari 2005. Pada tahun tersebut semua Program Pascasarjana di Universitas Gadjah Mada berada di bawah Program Pascasarjana UGM.
Pada perkembangannya kemudian, UGM mencanangkan restrukturisasi Program Pascasarjana. Semua Program Pascasarjana Monodisiplin dikembalikan ke fakultas masing-masing. Adapun program multidisiplin pengelolaannya dikoordinasikan oleh Sekolah Pascasarjana. Minat Studi KTT ditetapkan sebagai program multidisiplin dan menjadi bagian atau minat dari Program Studi Agama dan Lintas Budaya (selanjutnya disebut ALB) berdasarkan SK Rektor UGM Nomor: 89/P/SK/HT/2006 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana dan SK Rektor UGM Nomor: 66/P/SK/HT/2009 tentang Penataan dan Penetapan Penyelenggaraan Minat Studi di Lingkungan Sekolah Pascasarjana.
Dengan demikian, dalam perjalanan penyelenggaraan terjadi perpindahan pengelolaan dari sebuah minat pada Program Studi Sastra menjadi sebuah minat dari Program Studi Agama dan Lintas Budaya (ALB). Hal tersebut berlangsung sampai Semester II tahun Akademik 2012-2013. Mulai semester I Tahun Akademik 2013-2014 Kurikulum Minat Studi KTT harus menyesuaikan diri dengan induknya yakni 60% Mata Kuliah Wajib dari Program Studi ALB dan 40% Mata Kuliah Minat Studi KBTT. Dengan demikian, Mata Kuliah Wajib Program Studi dengan jumlah kredit 24 SKS dan Mata Kuliah Wajib Minat Studi KBTT sejumlah 18 SKS ditambahkan dengan 1(satu) Mata Kuliah Pilihan dari 2 (dua) Mata Kuliah Pilihan yang disediakan senilai 6 SKS.
Selanjutnya, pada tahun Akademik 2017/2018 Minat Studi KTT pengelolaannya dipindahkan dari Minat Studi S2 KTT pada Program Studi S2 ALB Sekolah Pascasarjana UGM ke Minat Studi KTT pada Program Studi S2 Sastra Fakultas Ilmu Budaya UGM dan untuk Minat Studi S3 KTT ke Program Studi S3 Ilmu-Ilmu Humaniora FIB UGM berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor: 1334/UN1.P/SK/HUKOR/2017 tentang Pemindahan Pengelolaan Minat Studi S2 dan S3 Kajian Timur Tengah dari Sekolah Pascasarjana Universitas Gadjah Mada ke Fakultas Ilmu Budaya Universitas Gadjah Mada dan untuk sementara dikelola oleh program-program studi yang ada di Fakultas Ilmu Budaya.
Akan tetapi, karena pada dasarnya program studi Kajian Timur Tengah merupakan kajian monodisiplin, perlu dipikirkan lebih lanjut pengembangan aspek kelembagaan dan aspek akademis untuk kelanjutan pengelolaan serta demi perkembangan keilmuannya sehingga Minat Studi KTT perlu segera ditingkatkan statusnya menjadi Program Studi dengan penekanan pada kajian kebudayaan. Karena itulah, Naskah Akademik Program Studi S2 Magister Kajian Budaya Timur Tengah di bawah Departemen Antarbudaya Fakultas Ilmu Budaya UGM ini dibuat berdasarkan dukungan kelembagaan dan Sumber Daya Manusia (SDM) yang ada di Fakultas Ilmu Budaya UGM, khususnya Program Studi Sastra Arab. Dengan demikian, Naskah Akademik Pengusulan Peningkatan Status dari Minat Studi ke Program Studi S2 Magister Kajian Budaya Timur Tengah Departemen Antarbudaya Fakultas Ilmu Budaya UGM ini diharapkan dapat menjadi bahan pertimbangan bagi Senat Akademik UGM dan Rektor untuk berkenan segera dapat mengeluarkan Keputusan Pendirian Program Studi S2 Magister Kajian Budaya Timur Tengah pada Departemen Antarbudaya FIB. Akhirnya, Prodi Magister Kajian Budaya Timur Tengah diizinkan untuk beroperasi secara resmi di bawah Departemen Antarbudaya Fakultas Ilmu Budaya UGM berdasarkan SK Rektor No. 424/UN1.P/KPT/HUKOR/2020 dan mulai menerima mahasiswa magister Kajian Budaya Timur Tengah pada tahun akademik 2020/2021.
